En parallèle de sa formation d'historien (MASTER) et de journaliste (diplôme de l'Ecole supérieure de Journalisme de Paris), Jonathan KIENZLEN adhère au Parti socialiste début 2004 à l'occasion de la campagne régionale de réélection de Jean-Paul HUCHON, et après avoir été sympathisant depuis 2002 et l'accession de Jean-Marie LE PEN au second tour de la présidentielle.

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Investi sur les questions institutionnelles, de culture, et de violences faites aux femmes, il est élu conseiller régional en 2015 et devient administrateur du STIF (ex-IDF Mobilités) et de l'Orchestre national d'Île-de-France. Il est également élu Premier secrétaire fédéral du Parti socialiste du Val-de-Marne la même année.

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Membre de la direction nationale du Parti socialiste, il est réélu conseiller régional en 2021 et intègre la commission culture. 

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En 2022 il est élu par ses collègues président du groupe socialiste, écologiste et radical, fonction qu'il occupe depuis lors. Il demeure membre du CA de l'ONDIF.

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À côté de son engagement politique, Jonathan KIENZLEN est adhérent du WWF et se passionne pour l'Histoire de la Seconde guerre mondiale, le sport, l'animation japonaise et la littérature (en particulier SF et policière).