Né le 12 juin 1966, Jean-Marc Germain effectue ses études à l'École polytechnique. En 1992, à l'âge de 26 ans, il rejoint la direction de la prévision au ministère de l'Économie et des Finances. 5 plus tard, il intègre le cabinet de Martine Aubry au ministère de l'Emploi et de la Solidarité.

En 2008, il devient directeur de cabinet de Martine Aubry, alors maire de Lille et présidente de Lille Métropole.

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Lors des élections législatives de 2012, Jean-Marc Germain est élu député de la 12e circonscription des Hauts-de-Seine et siège à la commission des affaires sociales. En 2021, il est élu conseiller régional et rejoint la commission des finances pour le groupe SER. En 2024, il devient député européen, siégeant à la commission des budgets ainsi qu'à la délégation à la commission parlementaire mixte UE-Mexique et à l'Assemblée parlementaire euro-latino-américaine.